La comuna de Calleuque fue creada por decreto del 30 de diciembre de 1899 con el territorio de la subdelegación 18.° Calleuque, del departamento de San Fernando. Su capital fue la población de Peralillo. La municipalidad entró en funciones el 6 de mayo de 1900.

En 1924 se creó la comuna de Población, con parte del territorio de las comunas de Calleuque y Peña Blanca.

La reforma de 1928 renombró a la comuna como Peralillo, le anexó el territorio de la suprimida comuna de Población, y la insertó en el departamento de Santa Cruz.

La «regionalización» de 1976 determinó que la comuna pertenece a la nueva provincia de Colchagua.